A Pavuna é servida por diversas linhas de ônibus municipais e intermunicipais, além do metrô, cuja estação da Linha 2 faz divisa com a Baixada Fluminense. O bairro também possui uma estação ferroviária, entregue à população em 1910. No ano de 1949, foi inaugurada a nova estação, localizada no ramal que ligava os trens metropolitanos de Dom Pedro II a Belford Roxo.

No final do reinado de Dom Pedro I, foi construído o Canal da Pavuna, que permitiu melhor navegabilidade até a Baía de Guanabara, via Rio Meriti. Tal fato contribuiu para o saneamento da região, evitando-se, assim, epidemias.

Com a multiplicação das moradias, acelerou-se o processo de fragmentação da malha urbana. Migrantes internos e externos vieram em busca de oportunidades na cidade florescente. Em 1998, foi inaugurada a Estação Pavuna, que facilitou o acesso dos moradores da Baixada, via metrô, ao Centro e à Zona Sul.

Antigamente, para se chegar à localidade, moradores e visitantes utilizavam o Caminho ou Estrada da Pavuna, depois transformada na Avenida Automóvel Clube (atual Pastor Martin Luther King Jr.). Ligava-se a Anchieta pelo Caminho do Engenho Velho, depois Rio do Pau, atual Avenida Crisóstomo Pimentel de Oliveira. Com a inauguração da Rodovia Presidente Dutra, em 1951, o bairro ganhou uma área industrial ao longo de sua extensão.